本作故事发生在MGS3后的六年也就是1970年。SNAKE已经脱离了FOX部队，但因为叛国罪被捕关押起来。在监狱中，SNAKE结识了一位新朋友ROY，在他的帮助下，脱狱行动开始了。在深入敌人内部的过程中，SNAKE发现原来自己被捕的背后隐藏着巨大的阴谋。最终，SNAKE平息了FOX的叛变，重新取得自由。

玩过PSP版ACD的朋友，应该对本作的画面有信心才对。ACD的画面就已经非常不错，本作的画面则更上一层楼。游戏中场景贴图细腻，立体感很强，即使离近了也没有马赛克出现，人物很动作流畅。整体看来，本作的画面比起PS2版来也毫不逊色。让人颇为遗憾的是，不知KONAMI是否为了节省容量，本作没有了PS2版中震撼人心的过场动画，取而代之的是一幅幅简笔漫画来描述剧情。虽然漫画看起来颇有新意，但却没有了那种气势感，和游戏内的画面比起来显得格格不入。

游戏是以任务形式进行，完成一定数量的任务后，才能进入下一个任务，还会遇到难缠的BOSS。除了主线剧情中必须完成的任务外，游戏还提供了大量的分支任务。只要玩家安置间谍得到报告后，阅读完报告即可进行分支任务。